اعتراضات الهندي على العلامة . من أهم نسخه : نسخة في مكتبة مجلس الشورى الإسلامي ، ضمن المجموعة رقم 6342 . كتبها السيد حيدر بن علي بن حيدر الآملي المتصوف تلميذ فخر المحققين وقرأها عليه فكتب له الإنهاء بخطه في 12 من شهر رمضان سنة 759 ، ذكرت في فهرسها 14 / 224 و 225 . نسخة في المكتبة الباقرية في مشهد ، رقم 921 . نسخة في مكتبة كلية الإلهيات في مشهد ، ضمن المجموعة رقم 936 ، ذكرت في فهرسها 2 / 86 ( 1 ) . ( 10 ) الأسرار الخفية في العلوم العقلية . من الحكمية والكلامية والمنطقية ، ذكره المصنف في الخلاصة ، وذكره في الإجازة وقال : إنه مجلد ، ألفه باسمه هارون بن شمس الدين الجويني الذي توفي سنة 685 ، وفي نسخة الخلاص التي اعتمد عليها الخوانساري : الأسرار الحقية في العلوم العقلية وقال الزركلي : الأسرار الخفية في المنطق والطبيعي والإلهي ثلاثة أجزاء . من أهم نسخه : نسخة في مكتبة آية الله الحكيم العامة في النجف ، رقم 380 ، بخط المؤلف . نسخة في مكتبة فيض الله أفندي في إسلامبول ، رقم 2182 ، كتبت في سنة 744 ، وهي من أول الطبيعيات إلى نهاية الكتاب ، ذكر ت في نوادر المخطوطات 1 / 180 . نسخة في مكتبة عثمان اوجاق في ديار بكر بتركيا ، كتبت في سنة 744 ذكرت في نوادر المخطوطات 1 / 180 .

--> ( 1 ) الخلاصة : 48 ، رياض العلماء 1 / 375 ، أمل الآمل 2 / 85 ، البحار 107 / 56 ، أعيان الشيعة 5 / 405 ، الذريعة 2 / 31 و 32 و 13 / 289 ، مكتبة العلامة الحلي : مخطوطة .